员工虚开5000元住宿发票需严肃处理。依据《中华人民共和国刑法》，虚开发票可能构成犯罪，将受刑事处罚，如罚金、有期徒刑等。不及时处理可能导致企业税务风险增加，严重影响企业信誉。
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员工虚开发票需严惩。处理如下：1. 轻微情节，教育警告并记录在案；2. 较重情节，经济处罚如罚款、赔偿损失；3. 严重情节，立即移送司法机关，配合调查并追究刑责。务必根据具体情况选择合适的处理方式。
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处理员工虚开发票，常见方式有教育警告、经济处罚、移送司法机关。根据情节轻重选择处理方式，轻微者教育警告，严重者需移送司法机关处理，以确保企业合规。