单位或需对工作中被同事传染幽门螺杆菌负责。依据《工伤保险条例》，若职工在工作时间和工作场所内因工作原因受伤，包括传染病，应认定为工伤。不及时处理可能导致职工健康受损，影响工作效率，甚至引发法律纠纷。
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被同事传染幽门螺杆菌，单位应负责。处理方式包括申请工伤认定、与单位协商赔偿或诉诸法律。建议先与单位沟通协商，无果后再考虑法律途径，以确保权益得到保障。
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单位应负责。具体操作：1.收集证据，如医疗证明、工作记录等；2.向单位提出工伤认定申请，并附上相关证据；3.若单位不配合，可向劳动仲裁机构或法院提起诉讼，要求赔偿。