合伙协议在合伙承包工程中有效，但具体效力需根据内容判断。依据《合伙企业法》等，合伙协议是合伙基础，无具体法规规定，但违约将影响合伙关系及工程进展，可能引发纠纷及经济损失。
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处理合伙协议效力问题，常见方式有协商、调解、仲裁或诉讼。选择时应考虑协议内容、双方关系及纠纷性质，协商不成可考虑调解，仍无法解决则选择仲裁或诉讼，以确保权益得到保障。
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合伙协议效力问题需重视。具体操作：1. 首先审查协议内容是否合法、完整；2. 如遇争议，先尝试友好协商；3. 协商无果，可寻求第三方调解；4. 调解不成，根据协议约定选择仲裁或向法院提起诉讼；5. 在整个过程中，注意保留证据，维护自身合法权益。